Emanuel Abbühl wurde in Bern geboren. Nach dem Abitur studierte er bei André Lardrot in Basel und Heinz Holliger in Freiburg i.Br. Oboe und Kammermusik, besuchte zudem Meisterkurse unter der Leitung von Maurice Bourgue und erhielt mehrere nationale Auszeichnungen und Preise internationaler Wettbewerbe, unter anderem 1981 in München (ARD), 1982 am Concours international d’exécution musicale in Genf und 1986 in Prag (Prager Frühling).
Er war seit 1992 Solooboist des Basler Sinfonieorchesters, ab 1997 im Rotterdams Philharmonisch Orkest, wechselte 2006 an die gleiche Position im London Symphony Orchestra und ist seit 1994 Gastsolist im Chamber Orchestra of Europe.
Eingeladen als Solooboist wurde er mehrmals vom Boston Symphony Orchestra, City of Birmingham Symphony Orchestra , Concertgebouw Orkest Amsterdam, Sinfonieorchester des Bayr. Rundfunks, Budapest Festival Orchestra, World Piece Orchestra und dem London Symphony Orchestra unter Dirigenten wie Gergiev, Ozawa, Jansons, Abbado, Harnoncourt, I. Fischer, Chailly u.a.. Als Solist und Kammermusiker ist er aufgetreten mit den Solisti Italiani, Northern Sinfonia Newcastle, Rotterdams Philharmonisch, Camerata Bern, Singapore Symphony Orchestra, Osaka Symphony Orchestra, Queensland Philharmonic, Camerata St. Petersburg, I Musici, Amsterdam Sinfonietta und an Musikfestivals wie Salzburg, Tanglewood, Istanbul, Edinburgh, Seoul (Sejong Center), Japan, USA und Russland, zudem mit und unter Musikerpersöhnlichkeiten wie Heinz Holliger, Andràs Schiff, Klaus Tunemann, Mitsuko Uchida u.a..
Neben mehreren CD-Einspielungen als Solist oder Kammermusiker hat er 2003 mit der Amsterdam Sinfonietta Vivaldis Oboenkonzerte aufgenommen. Weitere Aufnahmen u.a. der Werke für Oboe und Klavier Robert Schumanns sind in Vorbereitung.
Emanuel Abbühl ist Professor für Oboe an der Hochschule für Musik in Basel. Regelmässig führen ihn Meisterkurse nach Japan, Korea, Spanien, Mexico (Universidad nacional), Royal Accademy London, Northern College Manchester, Melbourne (Australian National Accademy), Brisbane und Lyon (Conservatoire Supérieur).